Sega si dimostra ottimista nei riguardi dell'imminente Alpha Protocol, annunciando di essere già all'opera su un secondo capitolo della serie.
Constantin Hantzopoulos ha infatti confermato che Alpha Protocol 2 è in pieno corso di sviluppo. Al momento lo staff sarebbe al lavoro sulle prime fasi di realizzazione dei concept del gioco, mentre alcuni elementi del primo titolo saranno probabilmente revisionati al fine di poterli proporre nuovamente in seguito.
Attualmente i membri di Obsidian starebbero riducendo i bug di Alpha Protocol, cercando di annullarli in modo definitivo e totale: alcune feature dell'Action-RPG serviranno tuttavia di riferimento quando ci si addentrerà nella realizzazione del suo sequel.